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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
04/09/2015 |
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Data da última atualização: |
16/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FONSECA, F. C. de A.; FIRMINO, A. A. P.; MACEDO. L. L. P. de; COELHO, R. R.; SOUSA JÚNIOR, J. D. A. de; SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GÓIS, L. A. B. de; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. |
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Afiliação: |
FERNANDO CAMPOS DE ASSIS FONSECA, UnB; ALEXANDRE AUGUSTO PEREIRA FIRMINO, UnB; LEONARDO LIMA PEPINO DE MACEDO, UnB; ROBERTA RAMOS COELHO; JOSÉ DIJAIR ANTONINO DE SOUSA JÚNIOR, UnB; ORZENIL BONFIM SILVA-JUNIOR, UnB; ROBERTO COITI TOGAWA, CENARGEN; GEORGIOS JOANNIS PAPPAS JUNIOR, Unb; LUIZ AVELAR BRANDÃO DE GÓIS, USINA TRUNFO, ALAGOAS; MARIA CRISTINA MATTAR DA SILVA, CENARGEN; MARIA FATIMA GROSSI DE SA, CENARGEN. |
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Título: |
Sugarcane giant borer transcriptome analysis and identification of genes related to digestion. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, fev., 2015. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0118231 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Sugarcane is a widely cultivated plant that serves primarily as a source of sugar and ethanol. Its annual yield can be significantly reduced by the action of several insect pests including the sugarcane giant borer (Telchin licus licus), a lepidopteran that presents a long life cycle and which efforts to control it using pesticides have been inefficient. Although its economical relevance, only a few DNA sequences are available for this species in the Gen-Bank. Pyrosequencing technology was used to investigate the transcriptome of several developmental stages of the insect. To maximize transcript diversity, a pool of total RNA was extracted from whole body insects and used to construct a normalized cDNA database. Sequencing produced over 650,000 reads, which were de novo assembled to generate a reference library of 23,824 contigs. After quality score and annotation, 43% of the contigs had at least one BLAST hit against the NCBI non-redundant database, and 40% showed similarities with the lepidopteran Bombyx mori. In a further analysis, we conducted a comparison with Manduca sexta midgut sequences to identify transcripts of genes involved in digestion. Of these transcripts, many presented an expansion or depletion in gene number, compared to B. mori genome. From the sugarcane giant borer (SGB) transcriptome, a of aminopeptidase N (APN) cDNAs were characterized based on homology to those reported as Cry toxin receptors. This is the first report that provides a large-scale EST database for the species. Transcriptome analysis will certainly be useful to identify novel developmental genes, to better understand the insect?s biology and to guide the development of new strategies for insect-pest control. MenosSugarcane is a widely cultivated plant that serves primarily as a source of sugar and ethanol. Its annual yield can be significantly reduced by the action of several insect pests including the sugarcane giant borer (Telchin licus licus), a lepidopteran that presents a long life cycle and which efforts to control it using pesticides have been inefficient. Although its economical relevance, only a few DNA sequences are available for this species in the Gen-Bank. Pyrosequencing technology was used to investigate the transcriptome of several developmental stages of the insect. To maximize transcript diversity, a pool of total RNA was extracted from whole body insects and used to construct a normalized cDNA database. Sequencing produced over 650,000 reads, which were de novo assembled to generate a reference library of 23,824 contigs. After quality score and annotation, 43% of the contigs had at least one BLAST hit against the NCBI non-redundant database, and 40% showed similarities with the lepidopteran Bombyx mori. In a further analysis, we conducted a comparison with Manduca sexta midgut sequences to identify transcripts of genes involved in digestion. Of these transcripts, many presented an expansion or depletion in gene number, compared to B. mori genome. From the sugarcane giant borer (SGB) transcriptome, a of aminopeptidase N (APN) cDNAs were characterized based on homology to those reported as Cry toxin receptors. This is the first report that provides a large-scale EST d... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Broca Gigante; Controle Biológico; Praga. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/129096/1/journal.pone.0118231.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
06/09/2012 |
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Data da última atualização: |
23/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BOSSOLAN, A.; ROSA, F.; MANCINI, A.; BARIONI, L. |
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Afiliação: |
ALEX BOSSOLAN, FT/Unicamp; FELIPE ROSA, Unicamp; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; LUÍS GUSTAVO BARIONI, CNPTIA. |
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Título: |
Um framework orientado a objetos para construção de simuladores de sistemas dinâmicos. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. |
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Páginas: |
p. 1-10. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
CIIC 2012. No 12613. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi desenvolver um framework genérico e simples, que permita desenvolvimento modular, hierárquico e orientado a objetos de simuladores de sistemas dinâmicos. A primeira fase do trabalho constituiu no levantamento dos requisitos do software, o qual foi realizado no âmbito de dois projetos com necessidade de implementação de simuladores de sistemas complexos na agricultura, o projeto PECUS (http://www.agropediabrasilis.cnptia.embrapa.br/web/pecus) e o projeto ANIMALCHANGE (http://www.animalchange.eu/), procurando, a partir de exemplos da literatura, generalizar a estrutura para a simulação de sistemas dinâmicos. O framework permite que modelos e simuladores específicos possam ser implementados a partir de classes básicas que dão suporte à hierarquização, sincronização, transferência de dados por meio de conexões e portas entre os componentes do(s) modelo(s) e eventos do simulador. O framework suporta simuladores contínuos, orientados a eventos e híbridos. Eventos possuem ponteiros para métodos específicos de um objeto-alvo. Simulações podem ser configuradas por meio de uma interface que permite a definição de dados de entrada e eventos de forma genérica a partir do caminho hierárquico de um modelo componente ou para uma porta do modelo. O framework foi desenvolvido para ser compilado separadamente de outros componentes de softwares de simulação tais como banco de dados e interface gráfica. |
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Palavras-Chave: |
Framework de simulação; Simuladores de sistemas dinâmicos. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/65709/1/RE12613.pdf
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Marc: |
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653 $aFramework de simulação
653 $aSimuladores de sistemas dinâmicos
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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